Wizja kontroli skarbowej to prawdziwy koszmar dla każdego przedsiębiorcy, niezależnie od tego, czy prowadzi on działalność w pełni zgodnie z przepisami prawa. Każda kontrola urzędowa niesie za sobą sporą dawkę stresu, i tak też jest i w tym przypadku. Kontrolerzy skarbowi mają szczególne prawa podczas przeprowadzania swoich czynności u przedsiębiorcy. Co ciekawe, tryb przeprowadzania kontroli skarbowej zakłada, że może być ona dokonana w firmie podatnika, nawet podczas jego nieobecności. Z tego względu choroba czy nagły wyjazd właściciela przedsiębiorstwa bynajmniej nie odciągnie w czasie kontroli skarbowej. Jedynym wymogiem prawnym dla fiskusa jest jednak zadbanie o świadków działań, które zostały podjęte.

Co prawda, obowiązujące w chwili obecnej przepisy odnoszące się do regulacji kontroli podatkowych, nakładają na organy urzędowe obowiązek prowadzenia swoich działań albo w obecności samej osoby kontrolowanej, bądź też osoby upoważnionej do reprezentowania tej osoby. W praktyce jednak bywa zupełnie inaczej i może się zdarzyć, że kontrola zostanie przeprowadzona bez obecności samego zainteresowanego podatnika. W przepisach prawa znajduje się zapis, że rozpoczęcie kontroli skarbowej zawsze powinno być poprzedzone doręczeniem upoważnienia kontrolowanemu, co nie może zostać dokonane bez jego obecności. Jeśli jednak kontrolowany jest na przykład chory i nie znajduje się w swojej firmie, fiskus i tak przeprowadzi działania kontrolne.

Wprowadzona na gruncie prawa instytucja zawiadomienia o tym, że przeprowadzona zostanie kontrola skarbowa, jest w takich przypadkach idealnym sposobem umożliwiającym podatnikowi negocjowanie z urzędem skarbowym innego terminu kontroli. Podatnik informuje wówczas urząd o przeszkodach występujących w związku z zamiarem podjęcia kontroli i uzgadnia inny jej termin.

Mogą jednakże wystąpić okoliczności szczególne, które powodują, że urząd skarbowy chce i musi, natychmiast podjąć kontrolę. Do owych okoliczności zaliczane jest podejrzenie przestępstwa lub przedawnienie. W takich przypadkach organ nie wyraża zgody na przesunięcie terminu kontroli. Nawet nieobecność podatnika nie jest absolutną przeszkodą do przeprowadzenia przez fiskusa koniecznych działań kontrolnych. Aczkolwiek, eksperci podkreślają, że kontrolerzy ze skarbówki muszą koniecznie zadbać o obecność świadka. Najlepiej, aby w jego roli występował funkcjonariusz publiczny, który jest najbardziej wiarygodny – zarówno dla urzędu, jak i samego podatnika.

W przypadku, gdy już w czasie prowadzenia kontroli, podatnik rozchoruje się, organy prowadzą nadal swoje czynności i nie wymagają obecności kontrolowanego. Mogą dokonywać w tym czasie analizy przekazanych faktur przez osobę kontrolowaną, czy też innych zestawień. Dodatkowo, specjaliści prawa skarbowego wskazują, że organ kontrolny w takich przypadkach powinien powstrzymać się od podejmowania zupełnie nowych czynności kontrolnych, które są oczywiście teoretycznie możliwe, jeśli zostaną dokonane w obecności niezależnego świadka.